Pemerintah Daerah merupakan salah satu komponen terpenting dalam upaya pengembangan sekolah model, karena program ini merupakan bagian dari kerjasama Pemeritah Daerah Kabupaten Teluk Bintuni dan Industri setempat. Kerjasama ini diwujudkan melalui penandatanganan perjanjian kerjasama (PKS) yang mengatur kewajiban dari masing-masing pihak dalam menopang program sekolah model ini.
Untuk tujuan itu, melalui program ini berbagai upaya advokasi telah dilakukan terhadap sejumlah OPD di lingkungan Pemerintah Daerah Kabupaten Teluk Bintuni. Tujuannya adalah untuk memastikan bentuk-bentuk dukungan yang akan diberikan oleh Pemerintah Daerah bagi pengembangan sekolah model.
Dua dukungan utama yang menjadi kewajiban Pemerintah Daerah Kabupaten Teluk Bintuni adalah:
Salah satu faktor penting dari terselenggaranya sekolah model yang berkualitas adalah tersedianya Kepala Sekolah, Tenaga Pendidikan (Guru), dan Tenaga Kependidikan yang kompeten dan profesional.
Pada tahun 2019, di sekolah model SMP YPK Tanah Merah Baru, hanya tersedia 3 Tenaga Guru tetap yang berstatus Pegawai Negeri Sipil (PNS). Untuk itu, PSW YPK sebagai pemilik sekolah model perlu melengkapi kebutuhan tenaga guru yang berkualitas. Pemenuhan ini dilakukan melalui kerjasama kelembagaan dengan berbagai pihak terkait.
Tahun Ajaran 2019: Terdapat 10 Tenaga Guru yang gajinya bersumber dari perusahaan/Industri setempat
Tahun Ajaran 2020: Terdapat 10 Tenaga Guru yang gajinya tidak lagi bersumber dari perusahaan setempat tetapi dari Pemerintah Daerah Kabupaten Teluk Bintuni
Tahun Ajaran 2021: Terdapat 10 Tenaga Guru dengan gaji yang bersumber dari Pemerintah Daerah Kabupaten Teluk Bintuni (Realisasi sampai Juni 2021).
Dukungan dari Pemerintah Daerah Kab. Teluk Bintuni kepada Sekolah Model SMP YPK Tanah Merah Baru yang sudah dipenuhi adalah:
Masih ada beberapa dukungan yang belum terealisasi sesuai PKS yang sudah disepakati yaitu: